战役部分紧接重返德军总部新秩序的结尾，1961年，德国已占领美国，玩家随抵抗组织和德军作战，击杀了操纵大型机甲的将军死亡之首，最后将军抛出了手雷，威廉·乔瑟夫·布拉柯威兹（玩家扮演的角色）身受重伤，后被队友救回。
第一关
玩家所在的u型潜艇被德军的空中舰艇灭绝者号使用大型磁铁从水下吸起，敌兵登上潜艇猛攻，玩家醒来时发现下肢瘫痪，需要操纵轮椅才能移动，拿着冲锋枪杀出一条血路，找到科学家赛特，他用电磁武器拦截敌人，玩家再拿着冲锋枪杀上甲板，反抗军的女领导人卡洛琳被敌人俘虏，玩家为了保住其他人，向德军假意投降。
第二关
德军女将军艾琳·恩格尔将其全部带回灭绝者号，她女儿希格兰·恩格尔的政治观念却倾向于抵抗军，出面阻拦她斩杀俘虏，但没有效果，艾琳仍将卡洛琳斩首，想要斩杀佛吉斯·雷德时，他挣扎了一下，只被斩断了右臂，玩家穿上了卡洛琳留下的动力甲，可以直立行走，一路杀到控制室，断开了磁力装置，潜艇再次进入水下。然后再原路杀回，带着卡洛琳的遗体，和佛吉斯、将军的女儿乘坐逃生舱离开。
第三关
大家在潜艇上讨论敌情时大家质疑如何被德军发现，将军的女儿提到他们在灭绝者号时收到了潜艇F区发出的信号，玩家去F区查看情况，这里已经是个封闭区域，残留着很多德军，他们在潜艇上发出了信号，全部击杀后摧毁信号站。
第四关
在潜艇里去见科学家，他把去世的小猫的脑袋嫁接在一只猴子的尸体上，结果存活了。玩家根据科学家的指示，击毁靶场的无人机，潜艇的活动区域中还包含居住的舱室、酒吧、食堂、指挥部等处，佛吉斯装上了一条机械臂。玩家的妻子在女领导人的办公室里找到了另一支抵抗队伍的所在地，位于帝国大厦的顶楼。以前纽约已经被核弹摧毁，玩家穿着装甲来到纽约，那里已经一片废墟，其中有很多穿着黄色防护服的德军，帝国大厦前有个大型机器人，但没什么威胁，很容易击毁。进入帝国大厦后和这支抵抗军的人会面，指挥官是一个黑人妇女，叫格蕾丝，她的副手叫狂哥。德军再次进攻，掩护他们从楼顶撤退，全部返回潜艇。
第五关
在潜艇上的F区寻找核弹头，途中会遇到很多机器人，拿到后带给赛特，让他改装。
第六关
找到直升机，进行充电，找到格蕾丝，她提到德军总部正在罗斯威尔，传说以前有架飞碟坠毁在那里，德军可能在那里研发新科技，赛特提到那里以前是个美国基地，研究反重力科技，后来被德军夺去。
第七关
玩家先到罗斯威尔和狂哥的餐厅和他碰面，在那里遇到一个德国军官，击杀后进地下室，狂哥的父亲建造了地下室，用来监听美军基地，还挖了一条隧道。玩家沿着隧道，前往德军基地。隧道末尾是个火车站，除掉敌人后启动火车，穿过车厢，杀到车头，进入基地，把核弹放到了基地的装置里，然后再杀出基地，驾驶摩托车离开。
第八关
玩家来到小时候住过的农场，父亲在二楼的房间里等他，母亲是犹太人，被父亲供出，已被德军抓走，弑父以后，德军来袭，灭绝者号的触角吸住了房屋，一番抵抗后击毁了两个触角，房屋倒塌，被残骸压住后被俘。不久，狂哥假扮律师前往德军监狱营救被杀，在车库接应的友军被击退。数日后玩家先在媒体前被羞辱，又在法庭上受审，这里会进入一段假想状态，在法庭和敌人混战，这里需要拿到走廊里的锤枪，绕着走廊打，然后攻上二楼，在办公室里能看到母亲。清醒后被判死刑，在广场前的高台上被艾琳斩首，赛特操纵机器人在下面接住了头颅，插管后生还，又被接上了德军超级战士的躯体，还能选择三种辅助装备，巨蟒勒甲用于进入狭窄区域，增力盔甲可撞开薄铁门，战斗步行器类似高跷，可以提高玩家的高度。